Février 1999. Quatre années se sont écoulées depuis une première série de meurtres dans la ville de Mifume (cf : Kara No Kyoukai Film 2). A ce jour, sept meurtres supplémentaires ont été perpétrés, ce qui porte le total des homicides à treize. La police, accusée d'incompétence sur cette enquête, pense qu'il s'agit du même meurtrier.
Mikiya se met de nouveau à soupçonner son amie Shiki bien que celle-ci soit débarrassée de sa double personnalité. En plein désarrois, le jeune homme essaye de passer un maximum de temps avec Shiki afin d'ôter ce doute lancinant qui s'est emparé de lui. Mais la jeune femme erre la plupart du temps dans les rues sombres de la ville : est-elle à la recherche de réponses sur son passé ou d'une potentielle victime ?