Janvier 1999. Azaka Kokuto est une apprentie mage de 16 ans au sein de l'école Reien. Elle est la soeur de Mikiya (dont elle est amoureuse) et la disciple de Tohko Aozaki. A ce titre, elle est chargée de mener une enquête au sein de son internat sur la présence d'un mage utilisant des fées.
En effet, ce mage serait lié de près ou de loin au suicide de Kaori Tachibana, une élève de 1ere qui, avant de mettre le feu dans le vieux bâtiment où elle se trouvait, se plaignait d'être assaillie par des fées.
Mais Azaka n'étant pas pourvue de la "vision mystique", Tohko décide d'envoyer Shiki (qu'Azaka considère comme sa rivale en amour) afin de l'aider dans sa tache.