Elevé et entraîné dans les montagnes depuis sa naissance, Kanzo Hattori, dit NIN, est l’un des derniers descendants du clan des ninjas IGA. Arrivé à maturité, son père, le grand maître Hattori, lui ordonne d’accomplir son destin de Ninja du clan en se rendant à Tokyo. A son arrivée, le hasard le projette contre le destin du jeune Kenichi qui lui sauve la vie. NlN devra désormais lui prêter allégeance, et servir le jeune maître sans se faire remarquer par la population locale. Mais son épreuve se révèle plus difficile que prévu lorsque les habitants de la capitale tombent tour à tour dans un mystérieux coma. Plongé dans l’enfer urbain de la métropole japonaise du XXIème siècle, il se rend compte que le clan rival, les KOGA, sont d’ores et déjà bien infiltrés dans la société et prêts à agir.