Lain Iwakura (岩倉・玲音, Rein Iwakura?) est une jeune adolescente solitaire, mal dans sa peau. Suite à la mort d'une de ses camarades de classe, elle se découvre une passion pour l'informatique et pour le Wired (littéralement cablé, grillagé), sorte d'évolution d'Internet. Un courriel, envoyé par cette dernière après sa mort explique que seul son corps a cessé de vivre et qu'elle-même vit à présent dans le Wired. Lain va s'immerger dans ce monde d'interconnexions électroniques, jusqu'à s'y "perdre".