Shinichi Kudo est un jeune lycéen de renom au Japon. Grâce à sa perspicacité et son intelligence, il est souvent amené à résoudre des affaires criminelles pour la police.
Un jour, dans un parc d'’attraction, il est témoin d'’une étrange affaire qu'il voudra élucider : malgré son expérience et sa vigilance habituelle, Shinichi est enlevé par les membres d’'une mystérieuse organisation, «les hommes en noir». Ces derniers lui feront avaler une étrange boisson. À son réveil, Shinichi se retrouve dans le corps de ses 6 ans...