Partie Sanctuaire : On raconte que dans la mythologie grecque, de jeunes garçons protégeaient la déesse Athéna, on appelait ces guerriers de l'espoir les chevaliers sacrés d'Athéna, déesse de la guerre. On raconte aussi que de leurs poings ils pourfendaient le ciel, et que de leurs pieds ils pouvaient entrouvrir la terre. Mitsumasa Kido, créateur de la fondation Graad destinée à protéger l'armure d'or du sagittaire et la réincarnation de la déesse Athéna, envoya cent jeunes enfants aux quatre coins du monde suivre un entraînement de chevalier. Seiya, Shiryû, Hyôga, Shun, et Ikki sont devenus de remarquables chevaliers; ce sont des adolescents (bien qu'ils paraissent plus vieux à l'image), protecteurs de la paix sur Terre, capables de revêtir des armures mythiques inspirées par les grandes constellations célestes. Rapidement, leur tâche principale est la protection de Saori Kido, réincarnation de la déesse Athéna, menacée par les complots du nouveau Grand Pope, maître du Sanctuaire (le lieu de rassemblement de tous les Chevaliers).

Partie Asgard : L'équilibre écologique de la planète est menacé par un soudain changement de comportement de la princesse Hilda de Polaris, grande prêtresse d'Asgard. Les Chevaliers du Zodiaque se rendront donc en Asgard afin de combattre les Guerriers Divins, légendaires protecteurs du royaume d'Asgard, et de vaincre le mal qui ronge le cœur de la princesse Hilda.

Partie Poséidon : Le mal dont souffre la princesse Hilda est instillé par le dieu Poséidon, qui souhaite prendre le contrôle de la surface de la Terre. Il a également kidnappé Saori afin de se servir d'Athéna dans son plan. Devant le refus de Saori, il l'enfermera dans le pilier central de son temple sous-marin (Main Bread Winner), afin qu'elle recoive les eaux du déluge destinées à la surface terrestre. Les Chevaliers du Zodiaque, ou plutôt les chevaliers de bronze (les chevaliers d'or devant rester au Sanctuaire) iront donc dans son royaume, au fond des océans. Ils combattront les sept généraux Marinas afin de détruire les piliers des sept mers (Mammoth Pillar). Puis ils s'attaqueront à Poséidon lui-même, qu'ils devront vaincre.

Partie Hadès : La dernière partie de la série, terminée des années après en plusieurs OAV, constitue le chapitre final : Hadès. Les chevaliers devront cette fois aller en Enfer pour vaincre Hadès, l'empereur des ténèbres en personne, qui souhaite "purifier" la Terre en cachant le soleil par une éclipse totale, et sauver une fois de plus Saori. Ils devront entre autres s'éveiller au huitième sens (Arayashiki), vaincre les trois juges des Enfers, généraux d'Hadès, ainsi que les dieux Hypnos et Thanatos, qu'ils rencontreront après avoir trouvé la voie menant à Elysion.