Lors de la fin de l'ère Tokugawa, marquée par la guerre civile, un samouraï nommé Battôsai Himura vivait à Kyôto. C'était un tueur craint de tous, qui lors de ses passages laissait derrière lui un horrible carnage. Ses agissements nourrissaient l'espoir auprès de la population qu'une nouvelle ère s'ouvrirait. Seulement, lors de l'avènement de l'ère Meiji, il disparut sans laisser de traces, et son nom finit par entrer dans la légende.
Kaoru Kamiya, orpheline et héritière du dôjo de son père, enseigne l'art du kendo seule. Elle se fera sauver à deux reprises des mains d'un dangereux tueur par un étrange vagabond. C'est ainsi qu'elle fait la connaissance de Kenshin, homme auquel elle offrira l'hospitalité.