Un jeune garçon prénommé Daiya et son père se retrouvent attaqués par un monstre alors qu'ils sont en pleine mer. Le père de Daiya est tué, mais celui-ci, croyant son heure venue, est sauvé in extremis par une immense machine surgit des flots, un dragon robot géant, le Daikû-Maryû.
Quelques temps plus tard, il apprend qu'un ennemi venu d'une autre dimension, Darius, se prépare à envahir la Terre à l'aide de machines diaboliques. Mais le Daikû-Maryû fera tout pour préserver le monde libre, notamment grâce à son arme ultime : Gaiking, un robot de combat ultra-sophistiqué. La guerre commence.