Sorata Kanda est un lycéen ordinaire en deuxième année, il est pourtant inscrit à Sakurasô, un internat ayant la réputation d’accueillir des élèves à problème. Un jour, une nouvelle étudiante, Mashiro Shiina, débarque au dortoir. La jeune fille est mignonne et est un génie artistique. Sorata se prend d’affection pour elle. Il décide donc de l’aider à vivre à Sakurasô et à survivre parmi ses drôles de pensionnaires. Cependant, il va vite se rendre compte que sa protégée est certes un génie, mais surtout qu’elle est incapable de s’occuper d’elle-même ! Il est donc désigné par ses camarades comme : le maître de Mashiro.