Frédéric Courant « Fred » ou Sabine Quindou (depuis 1993), sur le terrain, visitent des laboratoires, des mines, des monuments, interviewent des spécialistes et introduisent les questions auxquelles Jamy Gourmaud devra répondre.

Jamy présente les explications théoriques à l'aide de maquettes et d'expériences à bord d'un camion-laboratoire de la marque américaine Kenworth, conduit par « Marcel » dont on ne connait pas le visage. Une maquette du camion au 1/10e est parfois utilisée pour les besoins de l'émission.

La petite voix est interprétée par la comédienne Valérie Guerlain qui distille ses commentaires sur des images de documentaires.

Depuis 1999, l'émission est présentée en alternance. De 1999 à 2004 les trois présentateurs sont sur le plateau, même s'ils ne sont que deux à présenter réellement l'émission. À partir de 2004, C'est pas sorcier fonctionne sur deux duos : Sabine Quindou et Jamy Gourmaud ou Fredéric Courant et Jamy Gourmaud. On ne retrouve les trois animateurs que pour quelques émissions comme celles sur les mystères de l'univers en 2004, le budget de l'État en 2006, la police en 2007 et 2009, l'agriculture biologique en 2008, Le tour de France géologique en 2009, la Méditerranée en 2010 ainsi que le best of de 2010 et dans l'émission consacrée à nos maisons de demain en 2011.

Entre septembre 2011 et novembre 2012, une nouvelle formule de l'émission est mise à l'antenne dans le but de rajeunir l'émission et de s'adresser à un public plus large qu'auparavant. Dans cette nouvelle formule, Jamy ne présente plus ses expériences dans son camion-labo et les maquettes disparaissent au profit de réalisation en 2 ou 3D, qualifiée de « C'est pas Sorcier 2.0 », c'est un pari risqué pour cette émission qui souhaite s'adresser maintenant à un plus large public8. Jamy se rend dans des lieux symboliques ayant un rapport avec le sujet traité pour présenter les explications à l'aide d'un laboratoire mobile muni d'écrans tactiles, d'infographies. Cette modernisation se veut plus mobile et plus facile pour Jamy pour interroger des spécialistes.

Cependant, depuis novembre 2012, un ajustement de la nouvelle formule a été opéré. Le symbole de l'émission a fait son grand retour, à savoir le camion mais également les maquettes, à l'occasion d'un sujet consacré aux secrets du vertige. Il est plus grand, plus coloré que l'ancien et le labo mobile y est intégré9. En effet, beaucoup de gens se plaignaient de cette nouvelle formule où le camion n'apparaissait plus.