La corporation Smart Brain, la plus puissante de la terre, essaie de conquérir le monde en utilisant des Orphenoch, la « prochaine étape dans l'évolution de l'humanité », pour tuer discrètement la population humaine. Dans ce but, ils ont développé trois armures appelés Rider Gears (un pour Kamen Rider Delta, Kamen Rider Faiz et Kamen Rider Kaixa) pour trouver et protéger le roi Orphenoch qui peut réparer un défaut dans l'ADN des Orphenoch, défaut qui peut provoquer leur mort. Les Rider Gears sont volés par Hanagata, l'Orphenoch Chèvre et ancien chef de Smart Brain. Il les envoie à des enfants recueillis (surnommés les « Ryuseiji », d'après l'école où ils sont allés) pour qu'ils puissent empêcher les Orphenochs d'atteindre leur but. Mais les Rider Gears sont conçus pour être porté par des Orphenochs et les humains ne peuvent pas s'en servir sans subir des modifications génétiques.Un jeune solitaire, Takumi Inui, est entrainé contre son gré dans le conflit entre les Orphenochs et les humains et Kamen Rider Faiz pour sauver la vie de Mari Sonoda, l'une des Ryuseiji. Smart Brain en fait sa cible pour récupérer le Faiz Gear ...