La terre est aux prises des anges déchus (les anges de l'ombre), gardiens de l'Arbre de Vie dans un univers parallèle à celui des humains, appelé "Atlantis". Conséquence d'une guerre qui a ravagé le monde connu il y a 12 000 ans. Les anges et les hommes s'affrontent sur terre en une guerre qui dure depuis plus de 11 ans. Le dernier rempart de cette humanité cantonné à vivre enfermé dans des villes couvertes par de puissants boucliers, l'AQUARION, cette machine robot manœuvrée par 3 pilotes simultanément...