Saison 1 :
Nonoha est une brillante écolière qui vit entourée de sa famille et de ses amis. Elle n'a aucune confiance en elle et cherche sa vocation. Un jour, elle rencontre un furet blessé, qui n'est autre qu'un jeune garçon venu d'une autre dimension, Yunno. Il s'est rendu sur Terre afin de retrouver les Jewel Seed qui permettent à ceux qui les gardent de pouvoir exaucer n'importe quel rêve.
Mais elles peuvent aussi se révéler très dangereuses. Nanoha va essayer de l'aider dans sa quête et elle recevra de mystérieux pouvoirs magiques.

Saison 2 :
Quelque temps ont passé depuis les événements de la première saison, Nanoha a repris sa vie normalement en continuant également à entraîner ses pouvoirs magiques. Pendant ce temps une petite fille du nom de Yagami Hayate assiste au réveil du Livre de l'ombre présent dans l'étagère de sa chambre. Peu de temps après cet événement, Nanoha est attaquée par une jeune enfant habillée de rouge et équipée elle aussi d'une arme intelligente comme celle de Nanoha. Qu'est ce que cette fille lui veut? Et pourquoi l'attaque-t-elle? Nanoha devra tout mettre en œuvre pour découvrir qui elle est et empêcher une fois de plus le monde de sombrer dans le chaos.

Saison 3 :
10 ans ont passé depuis l’incident du Livre de l’ombre, Nanoha, Fate, et Hayate sont maintenant devenu de jeunes femmes aux responsabilités multiples. Elles travaillent à présent à plein temps pour le bureau d’administration de l’espace temps, chargé de récupérer les reliques, des joyaux aux pouvoirs extraordinaires. Nanoha et Fate créent la Sixième Division Mobile composée de : Subaru Nakajima, Teana Lanster, Erio Mondial et Caro Ru Lushe.
Leur mission : récupérer les reliques et défendre le monde des menaces qui pèsent sur lui en la personne d’une mystérieuse petite fille aux pouvoirs magiques or du commun.