L'agent J rentre au MIB (Men In Black) dont la principale mission est le contrôle de l'activité extra-terrestre sur Terre. Il collabore ainsi avec l'agent K. Les "hommes en noir" sont cela dit obligés de taire l'existence alien sur notre planète : la population ne doit pas savoir que cette menace existe. Or la discrétion n'est pas le fort de J...