À la fin de l'ère Edo, le temps du Shogunat et des guerres touche arrive à son terme, emmenant ainsi l'art du combat à l'épée et l'âme du samouraï avec lui. Mais la paix qui commençait à peine à résider sous la direction des Tokugawa commence déjà à s'effriter avec l'arrivée de l'influence "Western" par les occidentaux, et le Japon qui commence tout juste à tourner la page sur une nouvelle ère se retrouve face aux chaos appelé "Hasha no Kubi", ou la tête du conquérant. Il est dit que quiconque obtient la tête du conquérant, obtient de diriger le pays tout entier. Une autre ombre plane, opposée aux "Hasha no Kubi", ce sont les "Éternels Assassins" qui dans un combat éternel désire mettre fin à cette conquête du pouvoir...