Tous les dix ans, sept magiciens s'affrontent avec leur serviteur dans une guerre secrète afin de posséder le Saint Graal. À l'issue de ce combat, le magicien vainqueur aura le droit de voir un souhait exaucé.

Emiya Shirû est un jeune lycéen ordinaire si ce n'est qu'il est l'enfant adoptif d'un magicien très puissant aujourd'hui décédé. Il ne possède pas le talent de son père mais cultive un pouvoir bien spécifique, celui de pouvoir réparer les objets. Le jour où il se retrouve aux prises d'un combat opposant deux magiciens, il va réveiller le pouvoir qui sommeille en lui sous la forme d'une jeune femme a la beauté aussi dévastatrice que sa puissance : Saber.

L'ordre des sept magiciens est désormais réunis, la guerre peut commencer.