D'un naturel dynamique et serviable, Madoka a fondé dans son établissement scolaire le club Jersey dont l'objectif est d'aider toute personne le désirant. Alors qu'elle vient tout juste de rencontrer une jeune fille étrange nommée Lan, cette dernière lui fait une demande surprenante : piloter un robot géant. Incrédule au premier abord, Madoka va finir par accepter la proposition, se retrouvant immédiatement à devoir affronter un robot venu d'une autre planète. Loin d'imaginer les raisons de l'attaque, elle entre alors au cœur d'un conflit intergalactique dont l'origine semble remonter à une ancienne prophétie.