En quête du Saint Graal et du miracle qu’il promet d’exaucer, 7 magiciens (Maîtres) ont invoqué 7 Esprits-Héros (Serviteurs) qui se livrent une lutte sans merci jusqu’à ce qu’il n’en reste qu’un… C’est la Guerre Sainte. Après 3 guerres sans vainqueur, le combat est sur le point de reprendre pour la 4ème fois. Les magiciens s’empressent de rejoindre Fuyuki, le champ de bataille, chacun priant pour la victoire. Parmi eux cependant, un seul ne semble pas montrer autant de motivation. Son nom, Kirei Kotomine. Ne pouvant se résigner à son destin, Kirei se pose des questions. Pourquoi doit-il endosser ce qu’il voit comme une malédiction ? Mais un adversaire va lui faire oublier tous ses doutes et le remettre sur le chemin de sa destinée. Cet adversaire n’est autre que Kiritsugu Emiya. Épris d’aucune compassion, lui veut le Saint Graal plus violemment que tous les autres.
Cette histoire retrace la vérité sur la Quatrième Guerre Sainte qui a eu lieu il y a 10 ans et qui n'avait été qu'effleurée par fragment dans le jeu à succès "Fate/stay night". Ici sera révélée la vérité sur le combat qui a impliqué le père adoptif de Shiro, le père de Rin et le jeune Kirei Kotomine, le héros de l'histoire !