Le héros de ce shônen est un jeune lycéen répondant au nom de Kazuki. Jusque là paisible, sa vie bascule le soir où il se retrouve au beau milieu d'un féroce combat opposant un monstre à une jeune fille prénommée Tokiko. Voulant protéger cette jeune fille, Kazuki affronte le monstre au prix de sa vie. Tokiko se révèle être une alchimiste dont la mission est d'affronter les homonculus monstres menaçant la Terre. Émue par le sacrifice de Kazuki, Tokiko décide de lui redonner vie en lui greffant un Kakugane. Il s'agit d'une pierre issue de l'alchimie conférant une puissance phénoménale à son détenteur. Kazuki décide alors de profiter de ce pouvoir pour aider Tokiko dans sa mission d'éradication des homonculus.