The Soultaker met en scène un jeune garçon très particulier : Kyôsuke. Poignardé par sa mère adoptive, Mio Date, une religieuse, Kyôsuke apprend à ses dépens qu'il peut se transformer en mutant ! Ce pouvoir lui est inculqué après qu'il soit miraculeusement sauvé de la mort par une jeune infirmière du nom de Maya Misaki. Peu de temps après, alors que Kyôsuke se rend sur la tombe de sa mère, il se fait attaquer par un drôle de médecin. Il apprend par la suite que Maya n'est autre qu'un clone de sa sœur jumelle Runa. C'est ainsi que notre héros se donne pour mission de retrouver sa sœur qu'un repaire de mutants et une puissante corporation ennemie cherchent à assassiner.