Il y a de cela plusieurs années un démon renard à neuf queues entreprit la destruction du village et c'est le maitre Hogake 4ème du nom qui permit la survie de son peuple, au prix de sa vie. L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin, éternel cancre et grand farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. En effet, le démon scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ne font plus de différence entre le Kyûbi (renard à neuf queues)et Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraîne dur afin de devenir genin, le premier niveau chez les ninjas. Après plusieurs essais, il arrive finalement à recevoir son bandeau frontal de Konoha et la promotion qui va avec. Il est alors inclus dans une équipe de trois apprentis ninjas, avec Sakura Haruno et le talentueux Sasuke Uchiwa. Peu après, ils rencontrent leur jōnin, celui qui s'occupera de leur formation : le mystérieux Kakashi Hatake.

Au début craint et méprisé par ses pairs, il va peu à peu monter en puissance et gagner le respect et l'affection des villageois grâce notamment aux combats dantesques qu'il remportera face aux ennemis les plus puissants de Konoha parmi lesquels se trouvent plusieurs anciens villageois. Peu à peu, les sombres desseins de domination mondiale de l'un d'entre-eux se dessinent.