35 ans après la Guerre Stellaire qui changea pour toujours l'avenir de deux civilisations, l'alliance humains-zentrans a envoyé de nombreuses missions de colonisation dans l'espace afin de donner aux deux races les plus grandes chances de survie possibles. Ceci est l'histoire de la septième flotte de colonisation de type Macross qui arrive à l'orée du mystérieux système Varauta, commandée par un héros de la Guerre Stellaire, le commandant Maximilien Jenius : prévenu par son conseiller zentran Exedore du danger que renferme ce système, Sterling décide malgré tout de poursuivre le voyage dans cette direction... Les gens qu'ils y rencontreront s'avèreront bien plus redoutables que les zentrans, mais d'une manière radicalement différente...