D'origine Sud-africaine et initialement appelé Saron Gas, Seether naît en 1999. La musique du groupe est fortement inspirée de la jeunesse douloureuse du chanteur Shaun Morgan, dont les parents ont divorcé alors qu'il était encore jeune. Issu d'une famille très chrétienne, il en sera renié à cause de son amour pour le rock. Un jour, alors qu'il se retrouve assis, pensif, une guitare dans une main et un fusil dans l'autre, il choisit la musique au suicide, et décide de jouer avec qui voudra bien de lui, utilisant la musique comme une sorte de thérapie.[réf. nécessaire]

Il se lie alors à David Cohoé (batteur) et Dale Stewart (voix et basse) pour former en 1999 Saron Gas. Chacun des musiciens ont commencé à jouer dans différents groupes de musique lorsqu'ils étaient plus jeunes. Leur musique est influencée par des groupes internationaux comme Black Sabbath, Deftones, Silverchair mais surtout Nirvana. Le groupe crée alors son premier album Fragile qui mêle force, puissance et émotion.

Forts de leur succès, ils se lancent dans une tournée nationale et gagnent en popularité : Fragile devient alors l'une des meilleures ventes de l'année1. Il s'agit d'un exploit pour un groupe de rock de réussir à percer dans un milieu où seules les musiques indigènes et la pop connaissent un franc succès.

Grâce à cela, le groupe se fait repérer par Wind-Up Record et se lance à la conquête des États-Unis; c'est à ce moment-là que le groupe décide de changer de nom pour Seether. Ils créent alors en 2002 leur deuxième album Disclaimer qui comportera 12 titres et reprendra certaines chansons de l'album Fragile avec de nouveaux arrangements. Malgré le succès qui s'annonce, David Cohoé ne supporte pas la distance qui le sépare de sa famille et décide de laisser tomber sa carrière pour retourner dans le sud de l'Afrique. Il sera alors remplacé par Nick Oshiro.

Shaun, lui, décide de prendre pour pseudonyme Shaun Morgan, pensant que Welgemoed serait trop difficile à retenir.[réf. nécessaire] Le groupe croise la route de Pat Callahan, guitariste de talent, qui rejoindra le groupe. Le premier single de l'album Disclaimer à être lancé sera "Fine Again".

Seether reste très proche de ses fans, qu'il s'agisse d'ados en pleine désillusion, en passant par des ex-détenus. Leur premier single a d'ailleurs beaucoup touché une famille dont l'une des filles est décédée d'une overdose; depuis la famille fait partie du cercle d'amis du groupe.[réf. nécessaire]

Alors que celui-ci se fait une place aux États-Unis, Nick Oshiro quitte le groupe en 2003, pour retrouver la formation Static-X. Il sera alors remplacé par John Humphrey.

En 2004, Seether sort Disclaimer II, qui ne sera pas simplement un complément de Disclaimer, mais un album à part entière, où le groupe affirmera encore un peu plus sa force et sa maturité. Maintenant, Seether est surtout connu en France grâce à la bande originale du film The Punisher et à la chanson "Broken" où Shaun chante en duo avec la chanteuse et co-fondatrice du groupe Evanescence, Amy Lee, qui était d'ailleurs sa compagne jusqu'en fin 2005. Mais ils se sont également fait connaitre en faisant la première partie de ce même groupe lors de son passage en France en 2004.

L'album Karma And Effect qui est sorti le 25 mai 2005 est le troisième album du groupe. Le premier single "Remedy" a connu un franc succès sur les ondes Américaines, suivi par "Truth" et "The Gift".

Le 11 juillet, Seether sortira son premier album acoustique One Cold Night qui comprend de nombreuses reprises des albums précédents, un inédit et un bonus DVD.

Pat Callahan a quitté le groupe courant juin 2006 et le groupe a décidé de ne pas le remplacer pour le moment.

Leur quatrième album, Finding Beauty In Negative Spaces, est sorti le 23 octobre 2007, il a été produit par Howard Benson.

Le titre "Fake It" a été utilisé comme thème principal pour le Pay-Per-View WWE No Way Out, en février 2008, et comme musique de fond dans Burnout Paradise.

Troy McLawhorn a quitté le groupe le 8 mars 2011 après une annonce officielle du groupe via Twitter.

Le groupe a sorti son cinquième album Holding On To Strings Better Left To Fray le 17 mai 2011.