Durant les derniers mois de la guerre de Sécession, des Indiens Apaches commandés par Sierra Charriba, attaquent un poste de cavalerie du Nouveau-Mexique et massacrent ses occupants, puis se dirigent vers le Mexique en emmenant les enfants. Le Major Dundee, commandant du Fort Benlin, qui sert de camp d'internement pour les prisonniers sudistes, décide de rattraper et d'anéantir la bande de Charriba. Manquant d'hommes, il est contraint d'enrôler des volontaires de tous acabits ainsi que des Sudistes, dont le chef est Benjamin Tyreen. Les deux hommes se connaissent de longue date et se détestent.

Tyreen accepte d'aider Dundee en assurant le commandement des Sudistes. Mais une fois la mission terminée, il tuera Dundee, tel est son serment. La petite troupe entre au Mexique. La tension augmente (présence de soldats noirs) et le commandement de Dundee est mis à rude épreuve...