Première partie : Les rebelles du 17 juin 1940
Daniel Cordier a 20 ans le 17 juin 1940, lorsque le maréchal Pétain demande l'armistice au vainqueur allemand. Révulsé, ce monarchiste convaincu veut continuer à se battre. Mais c'est un peu par hasard qu'il se retrouve à Londres. Incorporé dans la Légion du général De Gaulle, alors inconnu, il fait ses classes d'officier puis entre dans les services secrets de la France Libre. Parachuté à Lyon pour y tenir le rôle de secrétaire de Georges Bidault, membre du réseau Combat, il doit remettre l'argent de la Résistance au représentant de De Gaulle en zone libre : Rex. Celui-ci, qui n'est autre que Jean Moulin, lui demande de devenir son secrétaire...

Seconde partie : Rex (Jean Moulin), mon patron
Lyon, 19 août 1942. Dany, devenu Alain, a quitté le domicile de ses amis et travaille aux côtés de Jean Moulin, alias Rex, représentant de De Gaulle en France libre. Pour asseoir l'autorité de ce dernier, Rex, contesté par les Alliés et la plupart des réseaux de résistants, veut créer le Conseil de la Résistance afin d'unifier les mouvements de Résistance. Une première réunion secrète se tient à Paris, en mai 1943.