14 ans se sont écoulés depuis la fin du second film, Asuka est chargée, en compagnie de Mari, de récupérer le Tesseract dans lequel est scellé l'Eva 01, lorsqu'elle est intercepté par le système d'auto défense chargé d'empêcher quiconque de récupérer l'Eva 01, et sera sauvé par celle-ci. De retour de l'intérieur de l'Eva, Shinji se rend compte que beaucoup de choses ont changé, il est désormais considéré comme un criminel, retenu prisonnier par ses anciens amis de la Nerv qui forment désormais l'organisation Wille dont le but officieux est de détruire la Nerv et d'empêcher de nouveau impacts. Ne retrouvant pas Ayanami, Shinji apprend qu'elle a disparu avant d'être secouru par une nouvelle Ayanami et l'Evangelion Mark-09. De retour au QG de la Nerv, il est accueilli par son père qui lui ordonne de piloter l'Evangelion 13 en compagnie d'un co-pilote : Kaworu Nagissa. Au cours de son errance, Shinji apprendra le résultât de ses actions, la vérité sur sa mère et Ayanami, c'est le moment que choisira Kaworu pour lui présenter son plan pour annuler le 3e impact mais qui finalement mènera à la catastrophe du 4e impact