Il y a seize ans, le village caché de Konoha a été attaquée par Kyûbi qui a été relâché par un homme mystérieux, l'homme masqué. Pour sauver le village, le quatrième Hokage, Minato et sa femme Kushina décident ensemble de sceller la moitié du chakra de Kyûbi dans le corps de leur fils qui venait tout juste de naître. En sacrifiant leurs vies, ils ont non seulement réussi à sauver le village, mais en plus de ça ils ont confié le futur du village à leur fils, Naruto.

Le temps a passé. Puis les membres de l'Akatsuki, Pain, Konan, Itachi, Kisame, Deidara, Sasori, Hidan et Kakuzu attaquent Konoha. Mais Naruto et ses compagnons les en empêchent et réussissent à les contrer. Cependant, le fait que ces membres de l'Akatsuki qui sont normalement morts soient revenus à la vie reste un mystère. Tous les ninjas reçoivent des louanges de leurs familles pour avoir effectué une dangereuse mission. Naruto, qui n'a pas connu ses parents, se sent davantage seul mais soudainement, l'homme masqué apparaît dans le village. Sa technique oculaire frappe alors Naruto et Sakura.