Issue d'une famille composée de quatre sœurs et de trois frères, elle voit sa sœur Kishmet enlevée sous ses yeux par des trafiquants d'esclaves en 1874. À son tour, alors qu'elle avait près de 9 ans, elle est la victime de négriers qui la vendent et la revendent plusieurs fois, sur les marchés d'El Obeid et de Khartoum, en lui infligeant de mauvais traitements. Le traumatisme est si grand qu'elle en oubliera son premier nom. C'est ainsi qu'on lui donne le nom de Bakhita, qui signifie la chanceuse.