Pinocchio vit à présent l'existence d'un petit garçon de douze ans aux côtés de son père Gepetto. Mais il n'a perdu ni son espièglerie, ni son grand coeur.
Voulant aider son père malade, Pinocchio se laisse avoir par la maléfique Madame Flambeau qui, profitant de sa naïveté, lui vend un étrange élixir censé guérir Gepetto. Cette potion de charlatan s'avère être en fait un mauvais sort qui le transforme le vieux marionnettiste en pantin de bois.
Pinocchio va devoir faire preuve de ruse, de courage et d'astuce pour aider son père à retrouver une apparence humaine.