2 ans après l'unification humaine et la fin de la guerre civile, l'humanité convalescente se voit confrontée à une nouvelle menace.
Les ELS, une race alien ayant la capacité d'assimiler toute vie ou machine surgissent de Jupiter. Sur leur trajectoire? La Terre.
Dès lors, pour Setsuna F. Seiei, ses camarades Celestial Beings et les forces armées de la fédération humaine, le temps est compté: réussiront-ils à communiquer avec leurs étranges interlocuteurs afin d'enrayer la menace pesant sur la terre avant de devoir en venir aux armes? A moins que tout cela ne soit encore qu'une épreuve prévue de longue date pour une humanité encore trop encline au conflit...