Nous sommes en l'an 73 de l'ère cosmique, deux années se sont écoulées depuis la bataille décisive de Yakin Due. Un traité de paix a été signé sur les lieux même de Junius-7 et un nouveau président est arrivé au pouvoir de Plant: Gilbert Durandal.
Lors de la visite de la présidente d'Orb Cagalli Yula Atha à une armurerie de ZAFT, 3 prototypes de Gundam vont se faire voler par les forces terriennes. C'est sans tarder que le Minerva, nouveau navire de combat de ZAFT, se lance à la poursuite du vaisseau contenant les 3 Gundam volés. A bord du Minerva se trouve Athrun Zala qui s'est rangé lui même aux côtés de ZAFT mais aussi Shinn Asuka, un jeune homme ayant perdu sa famille à Orb et pilote de l'Impulse: un nouveau prototype de Gundam de ZAFT.
La guerre entre ZAFT et l'alliance terrienne deviendra totale lorsqu'une bande de terroristes partisans de Patrick Zala tenteront de faire chuter les débris de Junius-7 sur la Terre...