L'histoire commence avec une menace à l'encontre du gouverneur de Tokyo, mais l'esprit vif de Conan empêche une issue fatale lors de l'incident du tunnel. Conan apprend qu'il peut y avoir un rapport avec un village qui a été délocalisé pour la construction d'un barrage et il tente d'arrêter le criminel au plus vite, avant l'attaque suivante.