Nous sommes le 27 décembre 2012 dans une école de Tokyo. Deux élèves restent après le nettoyage de leur classe pour discuter. Il s'agit d'Ayato Kamina et de Haruka Mishima, deux jeunes amoureux à qui tout semble sourire. Alors qu'ils sont sur le point de s'embrasser, Hiroko Asahina fait irruption dans la salle et les dérange. Ayato est décidé à présenter Haruka à sa mère malgré une certaine appréhension de la jeune fille. Une fois la rencontre terminée, Ayato la raccompagne chez elle. Au même moment, un étrange envahisseur nommé Mu débarque dans le ciel de Tokyo avec une gigantesque forteresse que rien se semble inquiéter. Une fois les forces aériennes vaincues, Mu enclenche la création d'un dôme entourant l'intégralité de Tokyo, séparant ainsi Ayato de Haruka pour de nombreuses années car Haruka est parvenue à fuir Tokyo à temps alors qu'Ayato est toujours à l'intérieur de la ville.