Dans un petit village du nom de Hanamizawa. Maebara Keiichi, un jeune garçon, vient de déménager et il doit intégrer la seule école du coin, où tous les âges se croisent dans une seule et même classe... Rapidement, il va se faire de nouvelles amies : Rena, Satoko, Mion, et Rika. Keiichi va également apprendre l'effrayante histoire de Hanamizawa, une histoire d'horribles meurtres liés plus ou moins au projet de barrage dans le village. Malheureusement pour lui, il semblerait que ses nouvelles amies cachent elles-même un très lourd secret à ce sujet...