Ce film relate l'histoire d'un jeune marin homosexuel, Querelle, qui débarque à Brest. Beau et viril, il attire le lieutenant d'un bateau. Il fréquente la Feria, un bar à putes mené par madame Lysiane qui est la maîtresse de Robert, le frère de Querelle. Querelle veut coucher avec Lysiane et sait qu'il doit d'abord se soumettre au hasard et jouer aux dés avec Nono, le mari de Lysiane : s'il perd, il doit se laisser sodomiser par Nono, c'est le prix à payer pour coucher avec sa femme, Lysiane. Querelle perd volontairement aux dés. Il se donne aussi à un policier, et fréquente un jeune assassin, Gil. Querelle a lui aussi tué auparavant un jeune homosexuel, avec qui il avait une liaison.